Нельзя однозначно сказать, что использование разных версий PCI Express в компьютере запрещено, так как разные стандарты шины PCI Express полностью совместимы электрически. 1

Однако у разных версий PCI Express разная пропускная способность, то есть количество данных, которые можно передать через шину. 1 Например, если установить SSD с поддержкой PCIe 5.0 в порт PCIe 3.0, то скорость работы будет ограничена примерно 3,5–4 гигабайтами в секунду. 1

Кроме того, если у видеокарты урезано число линий PCIe, то может быть потеряна часть производительности, так как шина будет недостаточно быстрой. 1

Таким образом, при использовании разных версий PCI Express система будет работать, но на скорости наиболее медленного компонента. 4