Несколько возможных причин, по которым некоторые программы продолжают запускаться при отключённой автозагрузке в диспетчере задач:

• Программы отслеживают наличие самих себя в автозагрузке и при удалении снова добавляются туда. 1 В таком случае нужно воспользоваться настройкой параметров в самой программе, как правило, там присутствует пункт «Запускать автоматически с Windows». 1
• В папке пользователя, отвечающей за автозагрузку программ, есть ярлыки с большим приоритетом запуска. 5 Если они присутствуют в папке, отключение автозагрузки может игнорироваться, и программа продолжит включаться. 5
• В реестре остаётся мусор от удалённых ранее приложений и настроек. 3 Эти записи в реестре не занимают существенного места и не видны в диспетчере. 3
• Повреждение системных файлов. 4 Иногда автозагрузка может не работать из-за повреждения системных файлов. 4 Их можно попытаться восстановить. 4
• Не хватает прав для автозапуска. 4 Если создавалось задание в планировщике, то возможно, что поставленной задаче не хватает прав для выполнения. 4 В этом случае потребуется отредактировать задачу, отметив в настройках пункт «Выполнить с наивысшими правами» на вкладке «Общие» в окне настройки задачи. 4

Для решения проблемы можно воспользоваться сторонними утилитами, например, Reg Organizer или Autorun Organizer. 3