Использование pthread_cancel() может быть нежелательным по нескольким причинам:

• Невозможность гарантировать освобождение ресурсов. 1 Нельзя гарантировать, что до определённой точки дошло выполнение, поэтому ресурсы могут не освободиться. 1
• Нарушение целостности пользовательских данных или сохранение блокировок, установленных завершённой нитью. 3 Это происходит при принудительном завершении нити в определённой точке завершения. 3

Вместо использования pthread_cancel() рекомендуется, когда это возможно, иметь общий флаг, который используется потоками для выхода из цикла. 2 Так можно позволить потокам выполнить любую очистку, которая им может потребоваться, перед фактическим завершением. 2

Также при использовании pthread_cancel() в языке C++ есть риск падения программы, если не поймать исключение в определённой точке (cancellation point). 5