INI-файлы считаются устаревшими в современных системах, потому что корпорация Microsoft начиная с Windows 95 предлагает использовать системный реестр для хранения всех настроек и данных программ. 13

Некоторые причины, по которым INI-файлы имеют недостатки:

• Не поддерживают Unicode. 2 Для хранения юникодных строк файл необходимо создавать не через официальные функции, а сторонними программами. 3
• Не поддерживают точную настройку доступа. 2 Поскольку это текстовый файл, любые настройки безопасности возможны только на файловом уровне, а не на уровне отдельных ключей. 2
• Подвержены атакам отказа в обслуживании. 2 Программа может открыть INI-файл в эксклюзивном режиме и заблокировать всех. 2
• Содержат только строки. 2 Если нужно хранить двоичные данные, то их необходимо закодировать в строку. 2
• Чтение INI-файла — медленная операция. 3 Каждый раз при открытии файла требуется прочитать его в память до конца и разобрать на секции. 3

Тем не менее INI-файлы продолжают использоваться как приложениями других производителей, так и компонентами ОС от Microsoft, например, файл boot.ini используется в Windows при загрузке. 3