Флешка может отображаться как два отдельных диска в Windows по нескольким причинам: 15

1. Использование программ для создания загрузочной флешки (например, Rufus, Ventoy). 15 Современные версии этих программ разделяют накопитель на разделы FAT32 для UEFI-загрузки и NTFS/ExFAT для файлов образов. 1
2. Использование фирменных средств шифрования от производителя USB-флешки. 1 Многие из них создают отдельный раздел для зашифрованных данных на накопителе в дополнение к незашифрованному разделу. 1
3. Самостоятельное разделение флешки на разделы пользователем с помощью средств Windows или сторонних программ. 1 Например, если флешка была взята у друга или сотрудника по работе: в одном разделе он может хранить загрузочный образ Windows, в другом — остальные программы. 5

Сам по себе факт того, что флешка показывается как два диска, вполне нормален и не требует каких-либо действий, если только пользователь не хочет вернуть её к изначальному виду. 1