FAT32 не считается оптимальной файловой системой для системного раздела, так как имеет ряд недостатков, например:

• Не подходит для объёмных разделов. 1 Штатные средства ОС Windows не позволяют создавать на диске с FAT32 разделы, объём которых превышает 32 ГБ. 1
• Имеет ограничения по максимальному размеру файла. 1 Максимальный размер файла, который запоминает накопитель, составляет 4 ГБ. 1
• Файлы хранятся иерархически, что может приводить к длительному поиску нужного объекта. 1

Однако у FAT32 есть и преимущества: она эффективно расходует дисковое пространство, так как использует дисковые кластеры меньшего размера по сравнению с предыдущими версиями. 5

Для серьёзных задач и под системные нужды лучше использовать файловую систему NTFS, которая предоставляет больше возможностей для безопасности и работы с большими объёмами данных. 13