FAT32 не рекомендуется использовать для хранения больших файлов на флэш-накопителях, потому что она имеет ограничение на размер отдельного файла — 4 ГБ. 24

Причина ограничения в том, что в FAT32 размер файла описывается 32 битами в таблице размещения файлов, а 2 в 32 степени — это ровно 4 гигабайта. 3

Для хранения больших файлов на флэш-накопителях лучше использовать другие файловые системы, например NTFS, которая позволяет хранить файлы размером больше сотни терабайт. 3

Также любое изменение в FAT32 вызывает перезапись одних и тех же секторов, что может приводить к быстрому износу флеш-накопителя. 1

Ещё одна причина, по которой FAT32 не рекомендуется с точки зрения безопасности, — низкая точность атрибута «дата»: дата создания файла или каталога может быть задана с точностью до двух секунд, чего недостаточно для многих криптографических приложений, использующих временные метки. 1