Эвристическое сканирование уступает сигнатурному анализу в эффективности обнаружения по нескольким причинам:

• Непригодность для защиты от новых вирусов. 1 Сигнатурный метод основан на выделении характерных признаков вируса и поиске этих признаков в проверяемых файлах. 1 Пока вирус не попал на анализ к экспертам, создать его сигнатуру невозможно. 1 Эвристический анализ, в свою очередь, предполагает, что новые вирусы часто похожи на какие-либо из уже известных, и позволяет обнаружить новые вирусы ещё до того, как для них будут выделены сигнатуры. 1
• Вероятность ложных срабатываний. 12 Поскольку эвристический метод поиска базируется на эмпирических предположениях, полностью исключить ложные срабатывания невозможно. 2
• Наличие методик обмана эвристического анализатора. 2 Разработчики вредоносных программ могут видоизменять код, использовать элементы, выполнение которых не поддерживается эмулятором кода антивирусов, и другими способами избегать детектирования при эвристическом сканировании. 2
• Сложности с расследованием инцидентов, сгенерированных эвристическим анализатором. 3

Чаще всего эвристическое сканирование используется в сочетании с сигнатурным анализом для выявления сложных шифрующихся и полиморфных вирусов. 2