ERP-системы считаются одними из самых сложных для построения корпоративных информационных систем по нескольким причинам:

• Длительная настройка. 1 Классические ERP-системы относятся к категории «тяжёлых» программных продуктов, требующих длительной настройки, чтобы начать ими пользоваться. 1
• Сложные интерфейсы. 4 Для успешного внедрения и работы ERP-системы необходимо длительное обучение пользователей. 4
• Повышенные требования к оборудованию. 23 Вся инфраструктура должна быть надёжной и быстродействующей, что существенно повышает стоимость её владения и обслуживания. 2
• Перенос данных. 4 При внедрении ERP-система заменяет собой существующие разрозненные информационные системы управления. 4 Данные, хранящиеся в этих системах, не всегда могут быть легко интегрированы в базу данных ERP-системы. 4
• Зависимость от поставщика. 4 Выбрав одного поставщика, компания вынуждена пользоваться его услугами для поддержания работоспособности системы и её обновления. 4