Да, некоторые ножки микроконтроллера можно не использовать. 1

Если они в высокоомном (третьем логическом) состоянии, то их лучше куда-нибудь притянуть (обычно в ноль), иначе на них может навестись опасный для микроконтроллера потенциал. 1

Если неиспользуемые ноги — выходы, то их можно оставить незадействованными. 6

Если это входы, то нужно в точности выполнить рекомендации разработчиков по их применению. 6 Вход должен быть соединён с корпусом или подтянут резистором к плюсу питания. 6

Оставлять ножки «висеть в воздухе» не рекомендуется. 2 При этом возможно неопределённое состояние входного логического элемента, в котором сквозь него при возможном одновременном открывании верхнего и нижнего транзисторов может пойти неуправляемый ток короткого замыкания. 2

Если требуется оставить ноги «висеть в воздухе», то хотя бы первой же командой при включении микроконтроллера нужно эти ноги настроить на вывод. 2

Для получения более точной информации и рекомендаций по конкретному устройству следует обратиться к даташиту.