При создании сериала «Губка Боб Квадратные Штаны» использовались следующие технологии анимации:

• Рисованная анимация (все серии). 12 В течение первого сезона использовалась традиционная рисованная анимация, а уже во втором сезоне произошёл переход к цифровой рисованной анимации. 1
• Кукольная анимация (серии «Губка Боб празднует Рождество», «Жуткая легенда Бикини Боттом», «Рождество Губки Боба и Сэнди в стиле кантри», отдельные элементы некоторых серий). 12
• Компьютерная анимация (серия «Вирус Карен»). 12

Также в 2008 году съёмочная группа при анимации начала использовать графические планшеты. 12 Переход на планшеты позволил дизайнерам и аниматорам рисовать на экранах компьютеров и немедленно вносить изменения или исправлять ошибки. 2