Возможно, имелась в виду проблема, когда при запуске скрипта через bash-скрипт, например с помощью here-документа, не выполняется определённый шаг, требующий действий пользователя. 1

Один из возможных способов решения такой проблемы —  предоставить удалённому bash-источнику динамически сгенерированный скрипт из here-документа. 1 Вместо того чтобы передавать скрипт в качестве стандартного ввода в оболочку, можно использовать этот подход. 1

Также для обработки ошибок в bash-скриптах можно использовать, например, конструкцию || true после команды, которая может завершиться с ошибкой. 3 Это заставит команду возвращать успешный статус выхода, независимо от её фактического успеха или неудачи. 3 Ещё один способ —  использование fallback-команд. 3 Их применяют, чтобы корректно обрабатывать ошибки и обеспечивать альтернативную функциональность. 3