Некоторые преимущества Flatpak и AppImage для установки дополнений в Linux:

Flatpak:

• позволяет загружать пакеты из нескольких репозиториев, например из официального Flathub, где доступны тысячи приложений; 3
• обеспечивает изоляцию приложений от основной системы и других программ; 1
• поддерживает современные технологии в Linux, например Wayland; 1
• децентрализован, можно создать свой репозиторий; 1
• доступен в большинстве дистрибутивов Linux. 1

AppImage:

• не требует установки, достаточно дать права на выполнение и запустить программу двойным кликом; 1
• не требует дополнительных рантаймов и прочих комплектов библиотек, всё необходимое уже включено в пакет; 1
• высокая надёжность вследствие простоты структуры пакета; 1
• разрабатывается сообществом и не зависит от корпораций. 1

Некоторые недостатки Flatpak:

• размер рантаймов достигает почти 300 мегабайт, и они сохраняются на корневом разделе; 1
• поддержка в графических менеджерах приложений есть только в свежих версиях, поэтому на некоторых дистрибутивах придётся использовать терминал для работы с Flatpak; 1
• плохо интегрируется с рабочим столом и штатным оформлением; 1
• не самый удобный интерфейс командной строки; 1
• ориентирован только на десктоп. 1

Некоторые недостатки AppImage:

• полное отсутствие изоляции, программы в AppImage имеют прямой доступ ко всему, что есть в системе; 1
• отсутствие нормального централизованного хранилища, разработчик программы должен сам сделать такой пакет и распространять его на своём сайте; 1
• только ручное обновление, путём скачивания новой версии пакета; 1
• большинство пакетов не поддерживают Wayland; 1
• не слишком качественная интеграция с рабочим столом: программы на Qt не используют системный стиль в KDE, а приложения на GTK+ в редких случаях могут иметь проблемы с темой оформления. 1