Режим системного прокси и TUN имеют свои особенности.
Преимущества режима системного прокси: может использоваться браузерами. docs.deguard.io
Недостатки режима системного прокси: требует отдельной настройки портов и выглядит более тяжеловесным. news.rambler.ru
Преимущества режима TUN: работает как аналог VPN, создаёт виртуальный интерфейс и пропускает трафик через себя. news.rambler.ru Подходит для программ, которые не могут или не хотят использовать системный прокси. docs.deguard.io
Некоторые недостатки режима TUN: при загрузке запрашивает запустить приложение с правами администратора, и перед перезапуском через admin трафик проходит в обход прокси. github.com
Таким образом, выбор между режимами зависит от конкретных потребностей пользователя.