Некоторые преимущества форматирования флешки в NTFS перед FAT32:

• Отсутствие ограничений на размер файлов и разделов. 4 В NTFS они могут составлять до 16 экзабайт, в то время как в FAT32 отдельный файл не может быть больше 4 гигабайт. 14
• Более высокая скорость работы. 1 Особенно заметна разница, если попадаются каталоги, содержащие очень большое количество файлов (например, когда их несколько тысяч). 1
• Более отказоустойчивая система. 1 Это достигается за счёт журналирования. 1
• Способность работать с кластерами малого размера. 1 Потери дискового пространства при хранении маленьких файлов у NTFS заметно меньше, чем у FAT32. 1
• Встроенная поддержка сжатия данных. 1 Архивирование «на лету» выполняется прозрачным для пользователя образом и даёт заметный эффект при хранении хорошо сжимаемых данных. 1

Выбор между NTFS и FAT32 зависит от конкретных задач и предпочтений пользователя.