Некоторые основные версии самолёта L-410 и их особенности:

• L-410A. 12 Первая серийная модель с двигателями PT6A-27, в производстве 1971–1973 годов. 2 В основном это были пассажирские машины с салоном на 17 мест. 1
• L-410M. 12 Модернизированный самолёт с новыми двигателями M-601A чешской разработки, производство продолжалось до конца семидесятых годов. 1
• L-410UVP («укороченный взлёт и посадка»). 12 Увеличенное крыло с новой механизацией, усовершенствованное оперение и модернизированные двигатели M-601B обеспечили улучшение взлётно-посадочных характеристик. 1
• L-410UVP-E. 12 Оснащён двигателями M-601E, пятилопастными винтами и дополнительными топливными баками в законцовках крыльев. 4
• L-410UVP-E20. 12 Модификация с улучшенной лётной характеристикой и повышенной грузоподъёмностью. 1 В дальнейшем самолёт модернизировали с использованием импортного двигателя General Electric H80-200, что позволяло выйти на международный рынок. 1
• L-410NG. 23 Полностью модернизированный самолёт, со «стеклянной» кабиной. 3 Отличается удлинённым носом, где размещено дополнительное багажное отделение, новым крылом с увеличенным объёмом топливных баков, новыми более мощными двигателями и новой авионикой. 2

Кроме того, на базе L-410 существует множество модификаций военного, транспортного и специального назначения. 2

L-410 предназначен для эксплуатации на местных авиалиниях, а также на неподготовленных грунтовых, травяных, снежных площадках, а также на аэродромах с короткими ВПП. 3