Основные отличия между USB-флешкой и реестром как ключевыми носителями:

1. USB-флешка не имеет дополнительных функций защиты, в то время как USB-токен (специализированный ключевой носитель) обладает такими функциями, например, защитой от несанкционированного доступа. 45 Обычная USB-флешка для хранения ключей электронной подписи не подходит, так как это может привести к потере ключей и возможности их использовать другими лицами. 4
2. Локальное хранение ключа на машине пользователя (например, в реестре) не позволяет постоянно контролировать ключ со стороны пользователя и лишает его мобильности. 1

Таким образом, основное отличие заключается в том, что USB-токен обеспечивает более надёжное хранение ключей и сертификатов благодаря дополнительным функциям защиты, в то время как использование обычной USB-флешки для этой цели может быть уязвимым.