Некоторые основные отличия между базовой и модернизированной версией самолёта L-39:

• Двигатель. 13 Например, в версии L-39CW вместо двигателя АИ-25ТЛ устанавливают американский ТРДД Williams International FJ44-4M. 3 Он имеет лучшую топливную экономичность, меньшую массу, больший ресурс и обеспечивает самолёту лучшие разгонные характеристики. 3
• Авионика. 13 Старый комплекс заменяют на современный. 3
• Конструкция. 15 В модернизированной версии L-39MS, например, усиливают планер, устанавливают новый комплекс авионики, включая коллиматорный индикатор на лобовом стекле. 1 Также самолёт имеет удлинённый носовой обтекатель и несколько изменённую форму вертикального оперения. 1
• Вооружение. 24 Например, в модификации Л-39М1 устанавливают модернизированный двигатель АИ-25ТЛШ, увеличивают тягу с 1720 до 1850 кг и улучшают приёмистость. 4 Также усовершенствуют систему управления силовой установкой и бортовым аварийно-эксплуатационным регистратором полётной информации с дополнительными датчиками и устройствами. 4
• Кабина экипажа. 3 В версии L-39NG устанавливают новую «стеклянную» кабину с комплексом авионики, беспереплетным фонарём и новым катапультным креслом Martin Baker Mk.16. 3