Некоторые инновации в области пассивной безопасности, впервые внедрённые в BMW E39:

• Шторные подушки безопасности. 2 Они защищают головы пассажиров при боковом ударе. 2
• Подголовники и трёхточечные ремни на всех сиденьях. 3 В списке опций насчитывалось до десяти подушек и шторок безопасности. 3
• Расширенная колея. 3 Для повышения стабильности передняя увеличилась до 1512 мм (+42 мм), а задняя — до 1526 мм (+31 мм). 3

Кроме того, за активную безопасность отвечали ABS, система стабилизации и контроля тяги ASC-T, а также новая система динамического контроля курсовой устойчивости DSC. 3