Некоторые инновации, которые были применены в мотоцикле Yamaha YZ125 за время его существования:

• В 2005 году модель получила новую алюминиевую раму и пересмотренный двигатель. 1
• В 2007 году трубы вилки сузили в средней части, добавили новые настройки демпфирования, стальные компоненты амортизатора Kayaba заменили более лёгкими алюминиевыми деталями, установили новый алюминиевый руль Pro Taper Contour. 1 Глушитель укоротили на 75 мм, чтобы улучшить реакцию на дроссель. 1
• В 2008 году модель получила новый лепестковый клапан на впуске, а поршень переднего тормоза сделали на 1,48 мм меньше. 1
• В 2009 году модернизировали стальной змеевидный держатель тормозных шлангов с помощью алюминиевого хомута, установили новую обтяжку сиденья и переднюю шину Dunlop 742F. 1
• В 2011 году глушитель удлинили на 75 мм, а сердечник увеличили с 27 до 30 мм, чтобы двигатель работал в странах третьего мира на бензине более низкого качества. 1
• В 2015 году модель получила новый короб воздушного фильтра, новые титановые подножки, траверсы, задний тормозной суппорт и защиту заднего тормозного диска, изменённую заднюю звёздочку и новую переднюю вилку KYB Speed-Sensitive. 1
• В 2017 году передний тормозной диск увеличили с 250 мм до 270 мм, а также улучшили материал тормозных колодок. 1
• В 2022 году представили новую версию YZ125 с модернизированным двухтактным двигателем Yamaha Power Valve System (YPVS) с жидкостным охлаждением. 23 Среди других особенностей модели: новый высокоточный карбюратор Hitachi Astemo Keihin PWK38S, новая конструкция впуска с угольным пластинчатым клапаном VForce3, обновлённая тормозная система и другие. 2