Преимущества использования скриптов VBScript в автоматизации задач:

• развитость и распространённость языка; 2
• универсальность: один язык для сценариев в разных областях, например, автоматизация настольных приложений, динамические HTML-страницы, серверные ASP-страницы. 2

Недостатки:

• если запускать скрипт внутри HTML, то он будет работать в контексте безопасности браузера; 2
• нет специфической функциональности по управлению компонентами ОС. 2

Преимущества использования скриптов JScript в автоматизации задач:

• гибкость и наличие готовых функций; 1
• возможность создавать функции где угодно и использовать переменные из текущего контекста; 1
• доступ к объектам ActiveX/COM для управления приложениями, реестром и т.д.. 4

Недостатки:

• невозможность передать несколько возвращаемых значений без сложностей (нужно делать коллекции или массивы); 1
• некоторые API, которые просты в использовании с VBScript, неудобны для доступа с помощью JScript. 4

Выбор между VBScript и JScript зависит от конкретных требований и задач автоматизации.