Трюмы на современных контейнеровозах устроены следующим образом:

• Грузовые помещения имеют ящичную форму, образованную поперечными водонепроницаемыми переборками и переборками бортовых танков. 1 Каждый трюм разделён на ячейки посредством направляющих планок. 1
• В трюмах есть вертикальные направляющие (cell guides) для установки и крепления контейнеров. 13 Они обеспечивают точное позиционирование груза и удерживают его в ходе плавания. 2
• Для удобства погрузки палубу контейнеровоза можно раскрыть почти целиком (на 85%), а затем, когда трюм заполнен, он закрывается сверху прочными люками. 2
• Размещение контейнеров в трюмах обычно производится в 7–10 рядов по ширине и 6–9 ярусов по высоте. 1
• Для защиты палубных контейнеров от воздействия морской волны на судах, где высота надводного борта не превышает 8 м, делается удлинённый полубак или специальный отбойный козырёк. 1