Принцип работы альтернативных систем отопления на пеллетах заключается в следующем:

1. Гранулы высыпают в бункер, из которого они по мере сгорания поступают в топку котла по специальному автоматическому шнеку (транспортеру). 1 При достижении необходимой температуры подача пеллет прекращается. 1
2. Процесс горения поддерживается при помощи вентилятора, который обеспечивает принудительное нагнетание воздуха. 1
3. Как только пеллеты разгораются, розжиг автоматически отключается. 1
4. После того, как вся пеллета выгорит и пламя погаснет, вентилятор очищает горелку и колосник, а зола попадает в зольник. 3

Существуют полуавтоматические и полностью автоматические версии системы отопления на пеллетах. 5 В полуавтоматическом варианте владельцы системы должны вручную засыпать пеллеты в бункер. 5 В полностью автоматическом варианте ручная засыпка не требуется, система подачи подаёт топливо из хранилища непосредственно в котёл без вмешательства человека. 5