Защита информации при использовании КриптоПро CSP работает следующим образом:

• Защита от переповторов. 1 Обеспечивается использованием криптографических функций ЭП, шифрования или имитозащиты с добавлением уникального идентификатора сетевой сессии (электронного документа) с последующей их проверкой приёмной стороной. 1
• Защита от навязывания информации. 1 Предотвращает навязывание нарушителем приёмной стороне собственной информации, переданной якобы от лица санкционированного пользователя (нарушение авторства информации). 1 Для этого используются функции ЭП с проверкой атрибутов электронного документа и ключа проверки ЭП отправителя. 1
• Защита от закладок, вирусов, модификации системного и прикладного ПО. 1 Обеспечивается совместным использованием криптографических средств, средств антивирусной защиты и организационных мероприятий. 1

Кроме того, КриптоПро CSP обеспечивает защищённое хранение пользовательских ключей в ключевом контейнере с использованием шифрования, имитозащиты и аутентификации доступа. 23