Система автоматизации производства в Factorio работает следующим образом: игрок создаёт сборочные цеха — строения, которые можно запрограммировать на создание определённых предметов из имеющихся ресурсов. 1 Например, чтобы собрать танк, в сборочный цех нужно загрузить готовые компоненты: сталь, шестерёнки, двигатели и микросхемы, которые в свою очередь можно собрать в других сборочных цехах из других ресурсов и компонентов. 1

Для доставки ресурсов и компонентов между постройками используются конвейерные ленты и автоматические погрузчики. 1 Соединив сетью конвейеров буровые установки, плавильные печи и сборочные цеха, игрок может полностью автоматизировать процесс добычи ресурсов, доставки и создания компонентов и готовых изделий. 1

Также для построения гибкого производства в игре есть поезда и логистическая сеть. 2 Например, можно построить железную дорогу, которая соединяет нефтеперерабатывающий завод с четырьмя месторождениями, затем объединить месторождение и станцию в общую логистическую сеть и указать, что поезд может останавливаться на станции только при условии, если в хранилище более 50 тонн нефти. 2