Шифрование файлов на уровне операционной системы работает следующим образом: 1

1. Для каждого шифруемого файла операционная система на основе генератора случайных чисел создаёт криптографический ключ — шифровальный ключ файла (file encryption key, FEK). 1
2. Тело файла шифруется блоками по 512 байт с помощью полученного FEK и симметричного алгоритма DESX. 1
3. Затем FEK шифруется посредством асимметричного алгоритма RSA и открытого ключа пользователя, инициировавшего операцию шифрования. 1

Для расшифровки файла драйвер компонента операционной системы использует закрытый ключ, соответствующий цифровому сертификату EFS (используемому для шифрования файла), для расшифровки симметричного ключа, который хранится в потоке данных. 2 Затем драйвер компонента EFS использует симметричный ключ для расшифровки файла. 2

Поскольку операции шифрования и дешифрования выполняются на уровне ниже NTFS, это прозрачно для пользователя и всех его приложений. 2