Обмен электронными документами между компаниями через ЭДО происходит по следующей схеме: 2

1. Отправитель создаёт документ, подписывает его электронной подписью и отправляет контрагенту. 2 Если получатель ещё не пользуется технологией электронного документооборота, то получит на электронную почту приглашение зарегистрироваться. 2
2. Контрагент получает документ, утверждает его или отклоняет, указав причину. 2
3. Отправитель получает подписанный контрагентом экземпляр. 2 Если были замечания, исправляет документ и отправляет корректировку либо генерирует новый электронный документ. 2

В классическом сценарии работы ЭДО участвуют три стороны: отправитель электронного документа, получатель и оператор ЭДО. 3 Также есть вспомогательные стороны: удостоверяющий центр (организация, которая выдаёт электронные подписи) и госорганы (регуляторы процессов электронного документооборота). 3

Пример обмена электронными документами в отделе закупок: 4

1. Менеджер отдела закупок размещает в системе ЭДО заявку на приобретение нужных позиций. 5 Руководство организации согласовывает покупку — это отражается в системе. 5
2. Менеджер направляет заявку поставщику посредством ЭДО. 5 Поставщик её подтверждает и формирует заказ. 5
3. Когда все позиции собраны, поставщик готовит отгрузочные документы, загружает их в систему ЭДО, подписывает их электронной подписью и отправляет заказчику. 5
4. Тот получает документы в системе, проверяет и подписывает своей электронной подписью. 5 Теперь у заказчика и поставщика есть накладные и счета-фактуры в электронном виде, подписанные обеими сторонами. 5