За время производства (с 1961 по 1995 годы) трактор Т-40 неоднократно модернизировался и дорабатывался, в его конструкцию вносились изменения, которые расширяли функциональность машины. 1 Некоторые технические характеристики, которые менялись:

• Двигатель: базовый Т-40 комплектовался силовой установкой Д-37 мощностью 37 л. с., на более позднюю модификацию Т-40М ставили дизель Д-144 мощностью 50 л. с.. 1 Позднее появился двигатель Д-37М с неразделённой камерой сгорания, обеспечивающей меньшее потребление топлива. 5
• Коробка передач: трактор Т-40 и его модификации оснащались четырёхходовой, восьмискоростной (одна замедленная передача), механической коробкой передач. 1 Отличительной чертой коробки стало расположение валов, расположенных поперёк, что позволило значительно укоротить конструкцию и совместить её в едином агрегате с механизмами заднего моста. 1
• Ходовая часть: опорой трактору служили передний и задний мост. 1
• Регулируемая колея и дорожный просвет: трактор имел регулируемую колею и регулируемый дорожный просвет всех колёс, могли устанавливаться сменные задние колёса уменьшенной ширины. 5 Для работы на крутых склонах колея могла быть увеличена за счёт установки задних колёс «наизнанку». 5
• Рулевое управление: рулевое управление оснащалось гидроусилителем. 2

Также выпускались различные модификации трактора Т-40, например Т-40А с полным приводом, Т-40АН для работы на крутых склонах, Т-50А для работы с навесным погрузчиком и другие. 14