Программы для очистки реестра и дефрагментаторы выполняют разные задачи.

Программы для очистки реестра удаляют недействительные записи реестра, которые появляются из-за установки или удаления программного обеспечения, а также изменений настроек Windows. 1

Дефрагментаторы помогают уплотнить реестр и удалить раздутые кластеры реестра и пустые пространства. 1

Таким образом, различие заключается в функциях: программы для очистки реестра фокусируются на удалении мусора, а дефрагментаторы — на упорядочивании структуры реестра и повышении его производительности. 12