Основное отличие всплывающих окон pop-under и pop-up в месте их появления: 14

1. Pop-up — всплывающее окно, которое, как правило, появляется автоматически поверх всего содержимого интерфейса и может блокировать его. 1 Используется для подтверждения действия, рекламных предложений, подписки, оповещений и т. п.. 1
2. Pop-under — всплывающее окно, которое появляется под основным окном на заднем плане. 1 Пользователь увидит его после закрытия верхнего окна. 1

Таким образом, pop-under не привлекает внимание пользователя до тех пор, пока активное окно не будет закрыто, и затрудняет возможность определения источника появления всплывающего окна. 3