Версии программы «КриптоПро» для разных операционных систем отличаются поддержкой определённых платформ и криптографических алгоритмов. 5

Например, версия 3.6 программы поддерживает только Windows и Unix-подобные операционные системы, а версии 3.9 и 4.0 не имеют такого деления. 2 Версия 4.0 поддерживает стандарт электронной подписи ГОСТ Р 34.10-2012, а остальные версии (3.0, 3.6 и 3.9) — ГОСТ 94 и 2001 годов. 2

Также в версии 5.0 программы для Linux, Mac OS и Windows появилось графическое приложение cptools для управления ключами и сертификатами, подписи и настройки. 3