Системные службы и автозапуск программ в Windows отличаются по характеру запуска и взаимодействию с пользователем. 4

Системные службы — это системные процессы, которые нужны, чтобы операционная система могла выполнять свои задачи. 2 Они запускаются ещё до ввода пользователем логина и пароля и напрямую с ним не взаимодействуют. 4 Службы независимы от пользователя и работают автономно. 4

Автозапуск программ, даже если они не имеют графического интерфейса, происходит в рабочем окружении пользователя при входе последнего в свою учётную запись. 4

Таким образом, основное отличие заключается в том, что службы работают независимо от пользователя, а программы автозапуска — в его окружении.