Программные комплексы отличаются от других программ для ЭВМ тем, что состоят из двух или более программных компонентов и выполняют взаимосвязанные функции. 12 Они нацелены на решение задачи в одной предметной области. 2

В то время как пакет прикладных программ объединяет программы, которые решают схожие задачи в различных предметных областях. 23 Например, к особенностям пакетов приложений относят стандартный пользовательский и программный интерфейс каждого компонента, облегчённый перенос данных между компонентами, наличие базы данных для хранения данных и их передачи приложениям. 23

Кроме того, программный комплекс признаётся единым объектом интеллектуальной собственности, а пакет программ рассматривается как набор нескольких самостоятельных объектов интеллектуальной собственности. 3

Таким образом, основное отличие заключается в том, что программный комплекс объединяет программы для решения конкретной задачи в одной предметной области, в то время как пакет прикладных программ объединяет программы для решения схожих задач в разных предметных областях. 23