Возможно, имелись в виду различия между официальными клиентами GitHub и сторонними программами для работы с репозиториями.

Официальные клиенты GitHub, например GitHub Desktop, предназначены для работы с платформой именно через сервис GitHub. 25 Они позволяют клонировать репозиторий из хостинга на компьютер и отправлять локальные репозитории обратно. 5

Сторонние программы, такие как Fork, Sourcetree и GitKraken, могут работать как с проектами на GitHub, так и с любыми другими репозиториями Git. 2 Эти клиенты можно использовать не только с репозиториями GitHub, но и с другими сервисами, основанными на Git. 2

Таким образом, основное отличие в том, что официальные клиенты GitHub ориентированы на работу именно с сервисом GitHub, а сторонние программы позволяют работать с репозиториями Git в целом.