Основное отличие форматов FAT32 и NTFS при создании загрузочной флешки заключается в их характеристиках и использовании:

• FAT32 подходит, если в составе флешки отсутствуют файлы размером более 4 ГБ. 2 Эта файловая система совместима с различными операционными системами и USB-устройствами. 1 Однако она не может вместить ни одного файла объёмом более 4 ГБ. 1
• NTFS следует выбрать, если на флешке присутствует хотя бы один файл размером более 4 ГБ. 2 Файловая система NTFS не имеет ограничений по размеру файла и поддерживает сжатие файлов. 1 Она обладает современными функциями: поддерживает права доступа к файлам для обеспечения безопасности, журнал изменений, создание резервных копий, шифрование и другие. 3

Таким образом, выбор между FAT32 и NTFS зависит от конкретных задач и условий использования загрузочной флешки.