Ярлык и исполняемый файл в Windows отличаются по функциям и назначению.

Исполняемый файл — это главный объект системы и самой программы. 5 Он содержит код, который заставляет компьютер выполнять определённые действия. 4

Ярлык — это не сам объект, а указатель на него. 4 Он содержит информацию о местонахождении программы, документа или папки. 4 Нажав на ярлык, можно запустить оригинальный файл. 4

Таким образом, исполняемый файл — это сам объект, а ярлык — ссылка на него.