Основное отличие создания загрузочной флешки для Windows 8.1 в UEFI и BIOS заключается в том, как загружается и выполняется первая программа (приложение) после загрузки. 1
Для BIOS загружается и выполняется программа, которая находится в нулевом секторе диска. 1 Для UEFI выполняется программа, которая находится на системном UEFI-разделе диска. 1
Для загрузочной флешки UEFI важна файловая система FAT, такая флешка не может быть с файловой системой NTFS. 3 Для флешки Legacy может быть важна как файловая система FAT12, так и FAT32, и NTFS, но для неё главное — MBR-разметка диска и активный раздел. 3
Также для создания универсальной флешки UEFI/Legacy можно использовать официальную утилиту от Microsoft — Media Creation Tool. 3