Папка автозагрузки и запланированные задачи (планировщик заданий) в Windows выполняют разные функции.

Папка автозагрузки позволяет запускать программы автоматически при входе пользователя в систему. 1 В неё можно поместить любые ярлыки, в том числе на файлы. 4 Папка хранится в профиле каждого пользователя или в профиле «для всех». 1

Планировщик заданий позволяет запускать программы в определённое время, в том числе при загрузке операционной системы. 2 С его помощью можно настроить запуск программ с учётом входа или выхода пользователей из своих профилей. 4 Планировщик запущен всегда, если его специально не выключали. 1

Таким образом, папка автозагрузки фокусируется на запуске программ при входе пользователя, а планировщик заданий — на выполнении задач в определённое время.