Чем отличается оконный менеджер от системного менеджера в Windows?

Возможно, имелись в виду различия между оконным менеджером и оболочкой в контексте среды рабочего стола. ru.wikipedia.org

Оконный менеджер — системный компонент, который позволяет окнам взаимодействовать друг с другом, мышью и клавиатурой. ru.wikipedia.org Он определяет функциональные возможности отдельных окон и отвечает за размещение множества окон в пространстве дисплея. asu.tusur.ru Оконный менеджер обычно незаменяем или труднозаменяем. ru.wikipedia.org

Оболочка — прикладная программа, которая даёт пользовательский интерфейс для запуска других программ. ru.wikipedia.org Оболочка, в отличие от оконного менеджера, заменяема. ru.wikipedia.org

Таким образом, основное отличие в том, что оконный менеджер — это часть системы, а оболочка — отдельная программа, которая выполняет определённые функции.