Интероперабельность в информационных технологиях — это способность двух или более информационных систем или компонентов к обмену информацией и к использованию информации, полученной в результате обмена. 2

Совместимость в информационных технологиях — это способность программ беспрепятственно обмениваться данными, следуя общепринятым конвенциям (форматы файлов, протоколы, структуры данных и т.д.). 3

Таким образом, основное отличие в том, что интероперабельность отражает функциональную возможность взаимодействия разнородных систем, а совместимость — способ обеспечения этого взаимодействия. 1

Ещё можно сказать, что интегрированная система предполагает, что входящие в неё подсистемы работают по согласованному алгоритму или, другими словами, имеют единую точку управления. 2 В интероперабельной системе подсистемы работают по независимым алгоритмам, не имеют единой точки управления, всё управление определяется единым набором используемых стандартов — профилем. 2