GRE-туннель (Generic Routing Encapsulation — общая инкапсуляция маршрутов) разработан компанией Cisco и предназначен для инкапсуляции пакетов сетевого уровня (L3) в IP-пакеты. 1

IPIP-туннель (IP Encapsulation within IP — инкапсуляция IP в IP) во многом похож на GRE, но работает только с IPv4-трафиком. 1

Некоторые отличия:

• GRE-туннель имеет возможность подтверждать получение пакетов, подобно коммуникации на основе TCP. 5 IPIP-туннель не имеет такого механизма, он наследует безгосударственное поведение сырого IP-пакета, похожее на коммуникации на основе UDP. 5
• Для использования GRE или IPIP-туннелей потребуются выделенные IP-адреса с обоих сторон, так как они не используют порты и не могут преодолеть NAT. 1

Mikrotik поддерживает оба вида туннелей. 1