Графический интерфейс WinSCP отличается от стандартных файловых менеджеров тем, что предназначен для работы с удалёнными файлами. 13 Программа обеспечивает защищённое копирование файлов между компьютером и серверами, поддерживающими протоколы SFTP и SCP. 13

WinSCP предлагает два пользовательских интерфейса: в стиле Проводника Windows Explorer и в стиле Norton Commander. 2 Интерфейс в стиле Norton Commander более удобен для управления с клавиатуры, им можно пользоваться без помощи мышки. 2 Он также позволяет выполнять основные операции быстрее и более наглядно. 2

В отличие от Проводника Windows, в WinSCP нет стрелки вверх, позволяющей перемещаться в родительские каталоги. 4

Ещё одна особенность WinSCP — возможность синхронизации локальных и удалённых данных. 5 В левом окне отображается локальная файловая система, в правом — файловая система сервера, к которому выполнено подключение. 5