Основное отличие форматов PEM и DER при работе с X.509-сертификатами заключается в способе кодирования данных. 34

PEM (Privacy Enhanced Mail) использует кодировку Base64 ASCII, файлы в этом формате можно открывать в любом текстовом редакторе. 13 PEM-сертификаты обычно используют в операционных системах на базе Unix/Linux, их применяют с Apache, Microsoft IIS и другими веб-серверами. 1

DER (Distinguished Encoding Rule) использует бинарную кодировку. 14 Файлы с сертификатами в этом формате имеют расширения .der или .cer. 34 DER-сертификаты часто используют в Windows и на веб-серверах на базе Java, в операционных системах на базе Linux этот формат применяют редко. 1

Таким образом, PEM больше подходит для работы с сертификатами в текстовых редакторах, а DER — для использования на серверах, требующих бинарную форму представления данных.