Фелипе Сантана внёс значительный вклад в развитие немецкого футбола. 12

Летом 2008 года его подписала дортмундская «Боруссия», и он сразу же смог закрепиться в новой команде. 12 Дебют в Бундеслиге состоялся 21 сентября 2008 года в выездном матче пятого тура против «Хоффенхайма», где Фелипе вышел в основном составе и на 90-й минуте отметился голом. 12

9 апреля 2013 года Сантана забил победный гол в ответном четвертьфинальном матче Лиги чемпионов 2012/13 против «Малаги» на 92-й минуте, который вывел дортмундский клуб в полуфинал. 12

Также за время пребывания в Германии Фелипе Сантана дважды стал чемпионом страны (2010/11 и 2011/12) и обладателем Кубка Германии (2011/12). 12