Эдин Джеко внёс значительный вклад в национальную футбольную сборную Боснии и Герцеговины, в частности:

• Был основным форвардом команды с 2007 года. 3
• Во время отборочного цикла к ЧМ-2010 Джеко был главной звездой боснийцев, забив девять голов в 10 матчах и заняв второе место в списке бомбардиров европейского отборочного цикла. 3
• В рамках отбора к ЧМ-2014 боснийцы вышли с первого места в группе, добившись самой разгромной победы в своей истории (8:1) над Лихтенштейном. 3 Джеко оформил дубль в ворота греков, а также был признан лучшим игроком своей сборной. 3
• Играл за сборную на чемпионате мира 2014, провёл 3 матча и забил 1 гол в рамках группового этапа. 14

По состоянию на 21 марта 2025 года Джеко — рекордсмен национальной сборной по количеству сыгранных матчей (133) и количеству забитых мячей (65). 1