Некоторые достижения Джона Кордобы в составе сборной Колумбии:

• Победа на молодёжном чемпионате Южной Америки (2013) в составе сборной Колумбии до 20 лет. 12
• Завоевание серебряных медалей Кубка Америки (2024) со сборной Колумбии, где Кордоба сыграл во всех матчах и отличился двумя голами. 1
• Дебют за национальную сборную Колумбии (16 ноября 2023 года) против сборной Бразилии (2:1) в отборочном матче к чемпионату мира 2026, где Кордоба вышел на замену на 68-й минуте. 1