Футбольный клуб «Балтика» известен следующими достижениями и фактами:

• Лучший результат в первенствах России — 7-е место в Премьер-Лиге (1996 год). 5

• Участие в еврокубковых матчах — в 1998 году «Балтика» дошла до третьего раунда Кубка Интертото. 15

• Первая команда, набравшая 1000 очков во второй по силе лиге чемпионата России. 1

• Победитель Первенства России среди команд Первой лиги 1995 года. 1

• Двукратный победитель Первенства России среди команд Второго дивизиона (2002, 2005). 1

• Финалист Кубка России сезона 2023/24. 1

• Лидер по количеству матчей во втором эшелоне российского футбола. 1