Подкаменная Тунгуска важна для судоходства в Красноярском крае, потому что это единственный способ доставить до отдалённых посёлков крупногабаритный груз и большие объёмы топлива в рамках северного завоза. 25 Река входит в число самых сложных для судоходства в России: у неё быстрые течения, большое количество порогов и извилистое русло. 2 В половодье уровень воды поднимается на 10–12 метров, а скорость течения увеличивается до 16 км/ч (местами может быть и больше). 2 На сложных участках большие сухогрузы и танкеры способны проходить только в паре с мощными буксирами. 2

Для туризма Подкаменная Тунгуска важна благодаря своим живописным пейзажам, живописным столбам и останцам, которые привлекают туристов. 15 Сплав по реке — распространённое туристическое занятие на юге Туруханщины и в Эвенкии. 3 Также на реке можно организовать пляжный отдых и этнотуризм, например, в деревеньке кето, куда приезжие попадают по турам, которые организует Центральносибирский заповедник. 3