Разница между неудобством и стеснением заключается в контексте, в котором используются эти слова.
Неудобство может означать, например, неудобное положение, беспокойство, тревогу, волнение. glosbe.com
Стеснение имеет несколько значений, среди которых:
Таким образом, неудобство может относиться к физическим аспектам, а стеснение — к эмоциональным состояниям и поведению.