Основное отличие френологии от классической физиогномики заключается в предмете изучения:

• Физиогномика — это метод определения типа личности человека, его характера через анализ черт лица. 3 В физиогномике есть три главных принципа: единство внутреннего и внешнего, целостность и субъективность. 3
• Френология — это учение о связи между формой черепа и чертами характера человека. 4 Френологи утверждали, что мозг, а не лицо, является ключом к пониманию характера человека. 2

Таким образом, физиогномика фокусируется на чертах лица, а френология — на строении черепа.

Следует отметить, что и физиогномика, и френология — псевдонауки, не имеющие научных доказательств. 24